Do khả năng kinh tế của Việt Nam còn có hạn, nên việc đầu tư xử lý nước thải đô thị chưa được nhiều, như đã mô tả ở trên. Việc hút bùn từ bể tự hoại cũng chưa thực hiện đúng thời hạn.

Trong khoảng 10-15 năm lại đây các cơ quan nghiên cứu và các trường đại học đã nghiên cứu theo hướng công nghệ xử lý chi phí thấp và đang áp dụng ở một số nơi và thu được kết quả ban đầu.

Việc quản lý vận hành và bảo dưỡng ở các nhà máy xử lý nước thải với mọi cấp độ và quy mô đang là một vấn đề lớn không chỉ đối với nước ta mà cả các nước đang phát triển.

Đây không chỉ đơn thuần là quản lý kỹ thuật, mà còn liên quan đến chi phí kinh tế. Do vậy nhiều nhà máy/trạm xử lý nước thải, khi xây dựng với kinh phí đầu tư lớn nhưng không hoạt động. Hệ quả là hiệu suất xử lý rất thấp. Đây là một vấn đề cần được nghiên cứu đánh giá một cách nghiêm túc.

Hiện nay công nghệ, thiết bị xử lý nước thải ở nước ta có xuất xứ từ nhiều nước như Nhật, Pháp, Ý, Hà Lan, Đan Mạch, Anh, Mỹ … Trong khi nước ta còn chưa có công nghiệp sản xuất, chế tạo thiết bị chuyên dụng. Đây sẽ là thách thức lớn đối với nước ta trong những năm tới.

Đối với các làng nghề, đã đang áp dụng một số công nghệ khác nhau, tùy thuộc lĩnh vực sản xuất và điều kiện cụ thể của địa phương. Vấn đề là với công nghệ hóa học hay hóa lý các cơ sở có vận hành một cách thường xuyên hay không hay vận hành có hiệu quả hay không lại là chuyện khác.